员工违规被罚款时，以下特殊情形或例外会影响处理结果：
1. 情节显著轻微：若违规未造成实质影响且为初次违规，直接罚款可能被认定不合理。此时公司更应优先采用警告、批评教 育等方式，而非罚款。
2. 制度条款违法：例如某制度规定违规一次罚款50%月工资，根据《工资支付暂行规定》第十六条，每月扣除工资不得超20%，且剩余部分不得低于最低工资。此类条款无效，罚款行为亦违法。
3. 紧急或不可抗力导致违规：如员工因突发疾病就医迟到，公司直接罚款有违公平原则，应核实情况后酌情减免处罚。
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员工违规罚款时，公司需确保处罚合法且程序正当，具体分析如下：
1. 制度未合规制定/公示：直接涉及员工利益的制度，未经民主程序制定或未公示/告知员工，罚款无法律依据，员工可拒绝并向劳动监察部门投诉追讨已扣款项。
2. 程序剥夺申辩权：如公司未调查核实、未听取员工陈述申辩就直接罚款，处罚程序不公正，员工可主张罚款无效。
3. 制度合法且程序正当：若员工违规事实清楚，公司可依制度罚款，但金额需合理，且不得违反《工资支付暂行规定》第十六条（月扣≤20%工资，剩余≥最低工资）。
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员工违规罚款的合法性，核心在于公司是否遵循《中华人民共和国劳动合同法》第四条：
《中华人民共和国劳动合同法》第四条明确规定，涉及劳动者切身利益的制度（如劳动纪律），需经职工代表大会/全体职工讨论，与工会/职工平等协商确定，并公示或告知员工。若公司仅以单方制定且未公示的制度罚款，该行为违法，员工有权拒绝。
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员工违规罚款可能存在以下法律风险：
1. 制度违法导致返还赔偿：某公司未经民主程序制定“上班用手机即罚200元”制度并执行罚款，员工仲裁后公司需返还罚款，若工资低于最低工资，还需补足差额并赔偿损失。
2. 员工解约索赔经济补偿：某公司以未公示制度高额罚款（月扣30%工资，剩余＜最低工资），员工据此解除合同，依据《劳动合同法》第三十八条、第四十六条，公司需支付经济补偿。

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