农村宅基地确权时，特殊情况或例外情形会直接影响确权流程与结果。
1. 宅基地历史遗留问题：如80年代前建房无正式审批手续，部分地区虽允许按“历史使用”原则确权，但需村委会证明并经乡镇政府审核，流程较复杂。
2. 宅基地使用权争议：若多人主张同一地块使用权，须先经村委会调解、行政裁决或法院判决明确权属，否则确权申请会被驳回。
3. 村民非村集体成员：如因升学、就业迁户出本村的村民，部分地区可能不予确权或仅允许继承性质的确权，影响使用权稳定性。
上述情形可能阻碍确权推进，建议申请人提前了解政策、备齐材料，必要时可咨询我为您解答，以保障合法权益。
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农村宅基地确权的申请部门，最直接是向当地县级或乡镇级自然资源和规划部门办理。
按属地管理原则，申请流程分以下情况：
1. 若为村集体成员且宅基地使用合法无争议，可先向村委会提交材料，经村委会初审后报乡镇自然资源所或土地管理部门审核。
2. 若存在权属争议或历史遗留问题（如无合法批建手续、多人主张使用权），需先通过调解、仲裁或诉讼明确权属，再向县级自然资源局申请确权。
3. 若宅基地长期使用但未办手续，可依据地方政策申请“历史遗留问题”处理程序，由县级政府组织相关部门联合认定。
4. 涉及宅基地“三权分置”等改革试点地区，需按试点政策向指定部门申请确权登记。
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农村宅基地确权的法律依据主要有《土地管理法》《不动产登记暂行条例》及地方政策。
《中华人民共和国土地管理法》第十一条规定，农民集体所有土地用于非农业建设的，由县级政府登记造册、核发证书；《不动产登记暂行条例》第五条明确宅基地使用权需依法登记。此外，《国土资源部关于加快宅基地和集体建设用地使用权确权登记工作的通知》（国土资发〔2016〕191号）强调“尊重历史、面对现实、依法依规”原则。
结合实际，若申请人具备村集体成员资格、宅基地来源合法且无权属纠纷，应向乡镇自然资源所或县级自然资源主管部门提交材料，经审核后由县级政府颁发使用权证书；存在争议的，需先由村委会或乡镇政府协调处理，必要时通过司法途径解决后再确权。
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农村宅基地确权过程中，常见法律风险点处理不当可能影响确权结果或引发纠纷。
1. 权属争议风险：如某农户长期使用宅基地未确权，因拆迁或继承问题遭其他村民主张祖宅，导致确权失败。
2. 材料问题导致确权被拒：如未能提供合法使用证明或伪造村委会证明，将被认定为不符合条件，甚至面临行政处罚。
3. “一户多宅”违规风险：农户名下已有宅基地，又通过继承或其他方式获得另一块宅基地，未按规定处理可能导致部分宅基地无法确权。
以上风险点可能阻碍确权，建议确权前全面评估，必要时可寻求我提供法律支持。

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